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匯總丨呼吸道病毒檢測方法
2018-11-30


常見的呼吸道感染病毒包括:流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、人偏肺病毒、冠狀病毒、博卡病毒……患有嚴重疾病的患者通常需要實驗室診斷,并且要求測試必須快速可靠,這對患者護理和管理非常重要?,F(xiàn)在我們把常見的幾種呼吸道病毒檢測方法從靈敏度、特異性、時間等方面進行匯總。



用于診斷主要人類呼吸道病毒的實驗室方法


呼吸道病毒的檢測方法


1.

>>>病毒培養(yǎng)<<<

一般來說,基于培養(yǎng)物的測定具有中等的靈敏度,用于病毒分離的細胞培養(yǎng)系統(tǒng)的使用頻率和相對重要性多年來穩(wěn)步下降,因為更快速和有效的分子檢測方法已經被許多實驗室引入和采用[1]。因此,病毒培養(yǎng)被認為不再適用或不再完全適合于患者護理環(huán)境中的常規(guī)診斷使用。


常規(guī)管培養(yǎng)

常規(guī)管培養(yǎng)系統(tǒng)長期以來一直是診斷病毒學的基礎并且已廣泛用于呼吸道病毒的分離。

優(yōu)點:常規(guī)的管培養(yǎng)物被認為是全面的,并且能夠分離寬范圍的病毒和檢測來自給定臨床標本的意想不到的病毒。

缺點:耗時長,通?;ㄙM許多天至數(shù)周來獲得最終結果,從而對臨床決策制定具有有限的影響。


離心輔助快速培養(yǎng)

快速培養(yǎng)最初設計成減少檢測培養(yǎng)物中病毒所需的時間和精力,并且許多實驗室自此用這些培養(yǎng)系統(tǒng)代替了它們的常規(guī)管培養(yǎng)物。該方法已被應用于更快速地檢測呼吸道病毒如呼吸道合胞病毒、甲流、乙流、副流感、腺病毒和偏肺病毒等。

優(yōu)點:比常規(guī)管培養(yǎng)物相比,能在更短的時間內獲得結果,在24小時至48小時內檢測到大多數(shù)病毒,但對于一些呼吸道病毒可能需要長達3至5天。

缺點:只能尋找目的病毒,并且一次只能檢測一種或幾種病毒。此外,這種類型的培養(yǎng)物通常比常規(guī)管培養(yǎng)系統(tǒng)更不敏感,受試劑的質量和可用性的限制,并且與常規(guī)管培養(yǎng)物相似,涉及需要不同細胞系的組合用于最大檢測,并且需要相當多的時間、勞動力和專業(yè)知識來執(zhí)行。


2.

>>>血清學測試<<<

整體上,使用血清學方法來測試病毒特異性抗體通常不能用于診斷急性呼吸道RNA病毒感染。呼吸道病毒的血清學檢測主要用于研究流行病學,以便于爆發(fā)的調查,提供社區(qū)感染的監(jiān)測,并分析免疫接種疫苗的反應。


3.

>>>抗原檢測<<<

用于檢測某種呼吸道病毒,并且所有或一些測定法常規(guī)地用于大多數(shù)臨床實驗室中。

優(yōu)點:快速、相對便宜,操作簡單,不同于基于培養(yǎng)的系統(tǒng),不需要對活的病毒進行檢測。

缺點:靈敏度和特異性不穩(wěn)定,高度依賴于患者的年齡、待檢測的病毒、測試形式和樣本的質量。不如病毒培養(yǎng)系統(tǒng)精確,并且比分子擴增技術敏感性差得多。只能鑒定特定病毒。此外,由于病毒的血清型數(shù)目和可以在所有病毒類型中檢測到的共同抗原的總體缺乏,抗原檢測分析不可常規(guī)地用于檢測鼻病毒和冠狀病毒。


免疫熒光法(IF)

IF試驗多年來已經廣泛用于呼吸道分泌物中收集的呼吸道病毒(感染剝落上皮細胞中)的直接可視化,所述呼吸道分泌物應用于顯微鏡載玻片。

優(yōu)點:容易評估標本的質量,并且可以根據(jù)可用抗體的數(shù)目篩選多種感興趣的病毒標本。

缺點:需要IF顯微鏡和需要高水平的專業(yè)技術來閱讀和解釋結果。

另外,由于缺乏合適的試劑,該方法不適用于由鼻病毒或冠狀病毒引起的病毒性呼吸道感染。 通常,IF的靈敏度為約50%~90%,有可能因病毒和抗體制備而更低;特異性> 90%[2]。


固相免疫測定

快速和不太復雜的固相免疫測定也可以用于檢測來自臨床標本的呼吸道病毒抗原。許多商業(yè)快速抗原檢測(RADT)可以在15到30分鐘內分批完成或一次完成一個,除了少數(shù)之外,不需要專門的設備,是呼吸道合胞病毒和流感病毒最常用的診斷測試之一。

優(yōu)點:執(zhí)行簡單、相對便宜,特異性良好。

缺點:僅可用于呼吸道合胞病毒和流感病毒。不夠靈敏,在診斷病毒學實驗室中提供的所有直接檢測測試中產生許多假陰性和假陽性結果。


4.

>>>核酸擴增<<<

RT-PCR和其他核酸擴增試驗已被多次證實對呼吸道病毒感染的檢測和鑒定具有高度靈敏性和特異性,并且基于分子的測試現(xiàn)在被認為是新的參考標準[3]。這些測試被判斷為比任何組合的病毒培養(yǎng)和基于抗原的測試更好,不受所測試的患者群體影響結果;可以容易地檢測共感染和定量樣本中的病毒量。


實時RT-PCR

這是目前用于檢測呼吸道RNA病毒的最優(yōu)選和廣泛使用的分子方法。

優(yōu)點:可重復性,易于使用,以及其在擴增產物的識別和定量中的總體準確性和簡單性高。結果可以在數(shù)小時或更短時間內產生,并且使用封閉系統(tǒng)大大降低了擴增污染的風險。與使用更傳統(tǒng)的方法相比,可以檢測更廣泛的病毒,并且容易與非病毒性病原(可鑒定呼吸道疾病)組合。

缺點:通量不高。


多重檢測

多重檢測廣泛用于日常臨床實驗室實踐中,檢測呼吸道病毒和細菌病原體。使用液相和固相微陣列、生物傳感器技術,可以在多重PCR反應后同時評估許多遺傳靶標,檢測各種基因型和遺傳變異,并篩選抗病毒抗性基因,部分檢測已經商業(yè)化。

優(yōu)點:檢測范圍廣,快速,使用方便,通量大。

缺點:只能鑒定目標病原體。

多重RT-PCR與基于毛細管電泳的片段分析技術結合的新一代片段分析技術(Advanced Fragmant Analysis, AFA)可用于同時檢測13種常見的呼吸道病毒及肺炎支原體、衣原體。該技術具有高靈敏度、高特異性、高通量、穩(wěn)定、操作便捷等特點,一個工作日可完成多達192個臨床標本的檢測,適用于鼻咽拭子、痰液、肺泡盥洗液,用于非細菌性呼吸道感染的病原體篩查。



基于核酸序列非依賴性擴增的二代測序

與二代測序技術和生物信息學分析相結合的核酸序列非依賴性擴增,是一種在臨床和公共衛(wèi)生中鑒定病原體的非常有前途的技術。它允許同時鑒別數(shù)百種不同的已知病原體,以及常規(guī)測試無法鑒別的新型病原體。然而,其常規(guī)使用的主要障礙包括成本、周轉時間和靈敏度,因為檢測限取決于病毒載量、宿主遺傳物質和測序深度。

優(yōu)點:獲取病毒的分型信息和鑒定新型病原體。

缺點:靈敏度和特異性比實時RT-PCR檢測低[4,5]。

通常認為,該技術不會很快用于臨床診斷[6]。但考慮到能夠降低成本,產生更多輸出數(shù)據(jù),該方法對于未來在臨床和公共衛(wèi)生中的病毒診斷仍然是受關注的,不過是在實時RT-PCR的篩選結果為陰性時。




綜合各方面性能,快速靈敏的 核酸擴增檢測 是優(yōu)選的方法。

如果在機構內不能使用分子方法,則推薦呼吸道合胞病毒和流感病毒的RADT、最常見的呼吸道病毒的熒光測試和盡可能全面的病毒培養(yǎng)系統(tǒng)的某些組合,使測試的靈敏度得到最大化。但即使這樣,假陰性結果也會頻繁發(fā)生,因此許多呼吸道病毒還需使用分子檢測方法來鑒定。


參考文獻

1      Hodinka RL. Point: is the era of viralculture over in the clinical microbiology laboratory? J Clin Microbiol. 2013Jan;51(1):2-4

2      Henrichson KJ. Advances in thelaboratory diagnosis of viral respiratory disease. Pediatr Infect Dis J. 2004Jan;23(1 Suppl):S6-10

3      Buller RS. Molecular detection ofrespiratory viruses. Clin Lab Med. 2013 Sep;33(3):439-60

4      Prachayangprecha S, Schapendonk CM,Koopmans MP, et al. Exploring the Potential of Next-Generation Sequencing inDetection of Respiratory Viruses. J Clin Microbiol. 2014 Oct;52(10):3722-30

5   Thorburn F, Bennett S, Modha S, et al. Theuse of next generation sequencing in the diagnosis and typing of respiratoryinfections. J Clin Virol. 2015 Aug;69:96-100

6      Lecuit M and Eloit M. The diagnosis ofinfectious diseases by whole genome next generation sequencing: a new era isopening. Front Cell Infect Microbiol. 2014 Mar;4:25






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