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匯總丨呼吸道病毒檢測(cè)方法
2017-01-23


常見(jiàn)的呼吸道感染病毒包括:流感病毒、副流感病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、人偏肺病毒、冠狀病毒、博卡病毒……患有嚴(yán)重疾病的患者通常需要實(shí)驗(yàn)室診斷,并且要求測(cè)試必須快速可靠,這對(duì)患者護(hù)理和管理非常重要?,F(xiàn)在我們把常見(jiàn)的幾種呼吸道病毒檢測(cè)方法從靈敏度、特異性、時(shí)間等方面進(jìn)行匯總。



用于診斷主要人類(lèi)呼吸道病毒的實(shí)驗(yàn)室方法



呼吸道病毒的檢測(cè)方法


1.

>>>病毒培養(yǎng)<<<

一般來(lái)說(shuō),基于培養(yǎng)物的測(cè)定具有中等的靈敏度,用于病毒分離的細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)的使用頻率和相對(duì)重要性多年來(lái)穩(wěn)步下降,因?yàn)楦焖俸陀行У姆肿訖z測(cè)方法已經(jīng)被許多實(shí)驗(yàn)室引入和采用[1]。因此,病毒培養(yǎng)被認(rèn)為不再適用或不再完全適合于患者護(hù)理環(huán)境中的常規(guī)診斷使用。


常規(guī)管培養(yǎng)

常規(guī)管培養(yǎng)系統(tǒng)長(zhǎng)期以來(lái)一直是診斷病毒學(xué)的基礎(chǔ)并且已廣泛用于呼吸道病毒的分離。

優(yōu)點(diǎn):常規(guī)的管培養(yǎng)物被認(rèn)為是全面的,并且能夠分離寬范圍的病毒和檢測(cè)來(lái)自給定臨床標(biāo)本的意想不到的病毒。

缺點(diǎn):耗時(shí)長(zhǎng),通?;ㄙM(fèi)許多天至數(shù)周來(lái)獲得最終結(jié)果,從而對(duì)臨床決策制定具有有限的影響。


離心輔助快速培養(yǎng)

快速培養(yǎng)最初設(shè)計(jì)成減少檢測(cè)培養(yǎng)物中病毒所需的時(shí)間和精力,并且許多實(shí)驗(yàn)室自此用這些培養(yǎng)系統(tǒng)代替了它們的常規(guī)管培養(yǎng)物。該方法已被應(yīng)用于更快速地檢測(cè)呼吸道病毒如呼吸道合胞病毒、甲流、乙流、副流感、腺病毒和偏肺病毒等。

優(yōu)點(diǎn):比常規(guī)管培養(yǎng)物相比,能在更短的時(shí)間內(nèi)獲得結(jié)果,在24小時(shí)至48小時(shí)內(nèi)檢測(cè)到大多數(shù)病毒,但對(duì)于一些呼吸道病毒可能需要長(zhǎng)達(dá)3至5天。

缺點(diǎn):只能尋找目的病毒,并且一次只能檢測(cè)一種或幾種病毒。此外,這種類(lèi)型的培養(yǎng)物通常比常規(guī)管培養(yǎng)系統(tǒng)更不敏感,受試劑的質(zhì)量和可用性的限制,并且與常規(guī)管培養(yǎng)物相似,涉及需要不同細(xì)胞系的組合用于最大檢測(cè),并且需要相當(dāng)多的時(shí)間、勞動(dòng)力和專業(yè)知識(shí)來(lái)執(zhí)行。


2.

>>>抗原檢測(cè)<<<

用于檢測(cè)某種呼吸道病毒,并且所有或一些測(cè)定法常規(guī)地用于大多數(shù)臨床實(shí)驗(yàn)室中。

優(yōu)點(diǎn):快速、相對(duì)便宜,操作簡(jiǎn)單,不同于基于培養(yǎng)的系統(tǒng),不需要對(duì)活的病毒進(jìn)行檢測(cè)。

缺點(diǎn):靈敏度和特異性不穩(wěn)定,高度依賴于患者的年齡、待檢測(cè)的病毒、測(cè)試形式和樣本的質(zhì)量。不如病毒培養(yǎng)系統(tǒng)精確,并且比分子擴(kuò)增技術(shù)敏感性差得多。只能鑒定特定病毒。此外,由于病毒的血清型數(shù)目和可以在所有病毒類(lèi)型中檢測(cè)到的共同抗原的總體缺乏,抗原檢測(cè)分析不可常規(guī)地用于檢測(cè)鼻病毒和冠狀病毒。


免疫熒光法(IF)

IF試驗(yàn)多年來(lái)已經(jīng)廣泛用于呼吸道分泌物中收集的呼吸道病毒(感染剝落上皮細(xì)胞中)的直接可視化,所述呼吸道分泌物應(yīng)用于顯微鏡載玻片。

優(yōu)點(diǎn):容易評(píng)估標(biāo)本的質(zhì)量,并且可以根據(jù)可用抗體的數(shù)目篩選多種感興趣的病毒標(biāo)本。

缺點(diǎn):需要IF顯微鏡和需要高水平的專業(yè)技術(shù)來(lái)閱讀和解釋結(jié)果。

另外,由于缺乏合適的試劑,該方法不適用于由鼻病毒或冠狀病毒引起的病毒性呼吸道感染。 通常,IF的靈敏度為約50%~90%,有可能因病毒和抗體制備而更低;特異性> 90%[2]。


固相免疫測(cè)定

快速和不太復(fù)雜的固相免疫測(cè)定也可以用于檢測(cè)來(lái)自臨床標(biāo)本的呼吸道病毒抗原。許多商業(yè)快速抗原檢測(cè)(RADT)可以在15到30分鐘內(nèi)分批完成或一次完成一個(gè),除了少數(shù)之外,不需要專門(mén)的設(shè)備,是呼吸道合胞病毒和流感病毒最常用的診斷測(cè)試之一。

優(yōu)點(diǎn):執(zhí)行簡(jiǎn)單、相對(duì)便宜,特異性良好。

缺點(diǎn):僅可用于呼吸道合胞病毒和流感病毒。不夠靈敏,在診斷病毒學(xué)實(shí)驗(yàn)室中提供的所有直接檢測(cè)測(cè)試中產(chǎn)生許多假陰性和假陽(yáng)性結(jié)果。


3.

>>>核酸擴(kuò)增<<<

RT-PCR和其他核酸擴(kuò)增試驗(yàn)已被多次證實(shí)對(duì)呼吸道病毒感染的檢測(cè)和鑒定具有高度靈敏性和特異性,并且基于分子的測(cè)試現(xiàn)在被認(rèn)為是新的參考標(biāo)準(zhǔn)[3]。這些測(cè)試被判斷為比任何組合的病毒培養(yǎng)和基于抗原的測(cè)試更好,不受所測(cè)試的患者群體影響結(jié)果;可以容易地檢測(cè)共感染和定量樣本中的病毒量。


實(shí)時(shí)RT-PCR

這是目前用于檢測(cè)呼吸道RNA病毒的最優(yōu)選和廣泛使用的分子方法。

優(yōu)點(diǎn):可重復(fù)性,易于使用,以及其在擴(kuò)增產(chǎn)物的識(shí)別和定量中的總體準(zhǔn)確性和簡(jiǎn)單性高。結(jié)果可以在數(shù)小時(shí)或更短時(shí)間內(nèi)產(chǎn)生,并且使用封閉系統(tǒng)大大降低了擴(kuò)增污染的風(fēng)險(xiǎn)。與使用更傳統(tǒng)的方法相比,可以檢測(cè)更廣泛的病毒,并且容易與非病毒性病原(可鑒定呼吸道疾病)組合。

缺點(diǎn):通量不高。


多重檢測(cè)

多重檢測(cè)廣泛用于日常臨床實(shí)驗(yàn)室實(shí)踐中,檢測(cè)呼吸道病毒和細(xì)菌病原體。使用液相和固相微陣列、生物傳感器技術(shù),可以在多重PCR反應(yīng)后同時(shí)評(píng)估許多遺傳靶標(biāo),檢測(cè)各種基因型和遺傳變異,并篩選抗病毒抗性基因,部分檢測(cè)已經(jīng)商業(yè)化。

優(yōu)點(diǎn):檢測(cè)范圍廣,快速,使用方便,通量大。

缺點(diǎn):只能鑒定目標(biāo)病原體。

多重RT-PCR與基于毛細(xì)管電泳的片段分析技術(shù)結(jié)合的新一代片段分析技術(shù)(Advanced Fragmant Analysis, AFA)可用于同時(shí)檢測(cè)13種常見(jiàn)的呼吸道病毒及肺炎支原體、衣原體。該技術(shù)具有高靈敏度、高特異性、高通量、穩(wěn)定、操作便捷等特點(diǎn),一個(gè)工作日可完成多達(dá)192個(gè)臨床標(biāo)本的檢測(cè),適用于鼻咽拭子、痰液、肺泡盥洗液,用于非細(xì)菌性呼吸道感染的病原體篩查。


基于核酸序列非依賴性擴(kuò)增的二代測(cè)序

與二代測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)分析相結(jié)合的核酸序列非依賴性擴(kuò)增,是一種在臨床和公共衛(wèi)生中鑒定病原體的非常有前途的技術(shù)。它允許同時(shí)鑒別數(shù)百種不同的已知病原體,以及常規(guī)測(cè)試無(wú)法鑒別的新型病原體。然而,其常規(guī)使用的主要障礙包括成本、周轉(zhuǎn)時(shí)間和靈敏度,因?yàn)闄z測(cè)限取決于病毒載量、宿主遺傳物質(zhì)和測(cè)序深度。

優(yōu)點(diǎn):獲取病毒的分型信息和鑒定新型病原體。

缺點(diǎn):靈敏度和特異性比實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)低[4,5]。

通常認(rèn)為,該技術(shù)不會(huì)很快用于臨床診斷[6]。但考慮到能夠降低成本,產(chǎn)生更多輸出數(shù)據(jù),該方法對(duì)于未來(lái)在臨床和公共衛(wèi)生中的病毒診斷仍然是受關(guān)注的,不過(guò)是在實(shí)時(shí)RT-PCR的篩選結(jié)果為陰性時(shí)。


4.

>>>血清學(xué)測(cè)試<<<

整體上,使用血清學(xué)方法來(lái)測(cè)試病毒特異性抗體通常不能用于診斷急性呼吸道RNA病毒感染。呼吸道病毒的血清學(xué)檢測(cè)主要用于研究流行病學(xué),以便于爆發(fā)的調(diào)查,提供社區(qū)感染的監(jiān)測(cè),并分析免疫接種疫苗的反應(yīng)。

綜合各方面性能,快速靈敏的 核酸擴(kuò)增檢測(cè) 是優(yōu)選的方法。

如果在機(jī)構(gòu)內(nèi)不能使用分子方法,則推薦呼吸道合胞病毒和流感病毒的RADT、最常見(jiàn)的呼吸道病毒的熒光測(cè)試和盡可能全面的病毒培養(yǎng)系統(tǒng)的某些組合,使測(cè)試的靈敏度得到最大化。但即使這樣,假陰性結(jié)果也會(huì)頻繁發(fā)生,因此許多呼吸道病毒還需使用分子檢測(cè)方法來(lái)鑒定。


參考文獻(xiàn)

1      Hodinka RL. Point: is the era of viralculture over in the clinical microbiology laboratory? J Clin Microbiol. 2013Jan;51(1):2-4

2      Henrichson KJ. Advances in thelaboratory diagnosis of viral respiratory disease. Pediatr Infect Dis J. 2004Jan;23(1 Suppl):S6-10

3      Buller RS. Molecular detection ofrespiratory viruses. Clin Lab Med. 2013 Sep;33(3):439-60

4      Prachayangprecha S, Schapendonk CM,Koopmans MP, et al. Exploring the Potential of Next-Generation Sequencing inDetection of Respiratory Viruses. J Clin Microbiol. 2014 Oct;52(10):3722-30

5   Thorburn F, Bennett S, Modha S, et al. Theuse of next generation sequencing in the diagnosis and typing of respiratoryinfections. J Clin Virol. 2015 Aug;69:96-100

6      Lecuit M and Eloit M. The diagnosis ofinfectious diseases by whole genome next generation sequencing: a new era isopening. Front Cell Infect Microbiol. 2014 Mar;4:25



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